Інтеграція протеомних даних для аналізу ролі RRP1B в клітинній біології - Бабенко, Евеліна; Babenko, Evelina (Харків : Харківський національний університет імені В. Н. Каразіна, 2025)
Робота присвячена дослідженню білкових взаємодій гена RRP1B, який відіграє важливу роль у ядерному РНК-метаболізмі та може бути залучений у механізми пухлинної прогресії. Метою роботи було проаналізувати функціональну роль RRP1B у клітинах людини шляхом виявлення його білкових партнерів за допомогою методів протеоміки. У дослідженні використано сучасні підходи: створення клітинної лінії HeLa Kyoto з ендогенним FLAG-міченим RRP1B, імунопреципітацію, мас-спектрометрію (IP-MS), кількісний аналіз у MaxQuant та DEP, а також біоінформатичні інструменти Gene Ontology та Enrichr. Отримані результати дозволили ідентифікувати білкові комплекси, пов’язані з біогенезом рРНК та контролем якості РНК, що свідчить про інтегративну роль RRP1B у регуляції ядерних РНК-процесів.

This thesis is devoted to the investigation of protein interactions of the RRP1B gene, which plays an important role in nuclear RNA metabolism and may be involved in mechanisms of tumor progression. The aim of the study was to analyze the functional role of RRP1B in human cells by identifying its protein partners using proteomic approaches. The research employed modern experimental methods, including the generation of a HeLa Kyoto cell line with endogenously FLAG-tagged RRP1B, immunoprecipitation coupled with mass spectrometry (IP-MS), quantitative proteomic analysis using MaxQuant and the DEP package, as well as bioinformatic tools such as Gene Ontology and Enrichr. The obtained results enabled the identification of protein complexes associated with rRNA biogenesis and RNA quality control, highlighting the integrative role of RRP1B in the regulation of nuclear RNA-processing pathways.
Науковий керівник: Багацька Наталія Василівна, доктор біологічних наук, професор, професор кафедри генетики і цитології
Keywords: NATURAL SCIENCES::Biology; CRISPR-Cas9; клітинні лінії; ген RRP1B; метаболізм нуклеїнових кислот; протеоміка; імунопреципітація; proteomics; immunoprecipitation; nucleic acid metabolism; gene RRP1B; cell lines; CRISPR-Cas9