Молекулярний дизайн та комп’ютерне моделювання нових інгібіторів коронавірусу SARS-COV-2

Abstract

Загальною метою дисертаційної роботи є молекулярний дизайн, рецептор-орієнтований пошук, комп’ютерне моделювання, молекулярний докінг та 3D-фармакофорний скринінг нових інгібіторів протеаз Mpro та PLpro коронавірусу SARS-CoV-2, створення віртуальних бібліотек нових сполук, структурна оптимізація молекул-хітів та in silico оцінка їх інгібуючої активності. Молекулярно-динамічне моделювання будови та структурно-динамічних властивостей комплексів молекул-лідерів з ключовими протеазами вірусу SARSCoV-2” є основою для оцінки стабільності комплексів у фізіологічних умовах.

The main objective of this dissertation is to design new molecules and conduct a receptor-based search, along with computer modeling, molecular docking, and 3D pharmacophore screening of potential inhibitors for the Mpro and PLpro proteases of 10 the SARS-CoV-2 coronavirus. This includes creating virtual libraries of new compounds, optimizing the structures of promising molecules, and evaluating their inhibitory activity through in silico methods. Additionally, molecular dynamics modeling will be employed to analyze the structural and dynamic properties of the complexes formed between lead molecules and the key proteases of the SARS-CoV-2 virus, which is essential for assessing the stability of these complexes under physiological conditions.