Комп’ютерний дизайн нових інгібіторів головної протеази коронавірусу SARS-COV-2 на основі алгоритмів еволюційної оптимізації противірусного препарату енсітрелвіру

Abstract

Проведено дослідження нековалентного зв’язування лігандів з віртуальної еволюційної бібліотеки, згенерованої на основі препарату енсітрелвіру, та її сполук-лідерів за допомогою методу молекулярного докінгу з метою вивчення їх активності щодо інгібування головної протеази коронавірусу SARS-CoV-2. Програмний пакет LigandScout застосовано для проведення молекулярного докінгу для 41 лігандів-лідерів. Результати докінгу показали, що 10 з 41 сполук-лідерів мають спорідненість до Mpro, кращу за оригінальний інгібітор енсітрелвір. Результати дослідження відкривають нові перспективи для розробки активних інгібіторів головної протеази Mpro коронавірусу SARS-CoV-2.A study of non-covalent binding of ligands from a virtual evolutionary library generated on the basis of the drug ensitrelvir and its leader compounds was carried out using the molecular docking method in order to study their activity in inhibiting the main protease of the SARS-CoV-2 coronavirus. The LigandScout software package was used to perform molecular docking for 41 lead ligands. Docking results show that 10 out of 41 leader compounds have an affinity for Mpro that is better than the original inhibitor ensitrelvir. The results of the study have new prospects for the development of active inhibitors of the main Mpro protease of the SARS-CoV-2 coronavirus.